سه سال پس از بازگشت کشتی فضایی افسانه‌ای یاماتو، زمین در حال بازسازی خود است و با گامی به سوی صلح با گامیلان‌ها گام برمی‌دارد؛ اما این بازسازی با استفاده از فناوری موج حرکت ممنوعه هزینه دارد. در این میان، اعضای سابق خدمه یاماتو که هر کدام به راه خود رفته‌اند، پیام روانی از الهه اسرارآمیز تسرا می‌گیرند که آنها را به بازگشت به کشتی محبوبشان و سفر به سیاره دورتر به نام تِرزارت دعوت می‌کند. وعده قدرتی انقلابی برای مبارزه با تهدید بی‌رحم امپراتوری گتلانتیس که به زمین نزدیک می‌شود، به آن‌ها داده می‌شود. بی‌درنگ پاسخ مثبت به التماس او، خدمه دوباره گرد هم می‌آیند و با سفر فضایی پرخطر دیگری روبه‌رو می‌شوند که شجاعت و چندمنظوره بودن آنها را در مقابل دشمنی بزرگ‌تر می‌آزماید.