شینسنگومیِ موبایل به منظور حفظ کیوتو از تاثیراتی که روند غربی‌سازی ژاپن را به تاخیر می‌انداخت، سازماندهی شد؛ این تأثیرات می‌تواند ارواح و هیولاهای گوناگون یا جمعی از بی‌نرمانان باشد که می‌خواهند زمان را برای شهر کیوتو به عقب برگردانند. یوکو کوندو، توشیه هیزِکاتا و کارو اوکی تا دارای فرزندانی از خانواده‌های مشهور رهبران ترسناکِ شینسنگومیِ اصلی هستند و با نام «حقیقت» زیر نظر خانم اوریو دور هم جمع شده‌اند تا همان مسئولیت پدرانشان را در پیشبرد هدفِ خود حفظ کنند. با کمک پسر اوریو، ریونوسوکه، شینتارو، گِنای و هیولا گربه‌ای به نام نکومارو، آن‌ها کیوتو را از شرّ تاریکی‌ها محافظت می‌کنند. اما چه کسی از مردم کیوتو در برابر موبایل شینسگومی محافظت خواهد کرد؟