قاتل نینجا داستان رایزو، یکی از مرگبارترین قاتلان جهان را دنبال می‌کند. او از خیابان‌ها به عنوان یک کودک گرفته شد و به یک قاتل آموزش‌دیده توسط Clan Ozunu، یک جامعه مخفی که وجودش به عنوان یک افسانه در نظر گرفته می‌شود، تبدیل شد. اما با یادآوری اعدام بی‌رحمانه دوستش توسط این کلن، رایزو از آنها فرار می‌کند و ناپدید می‌شود. حالا او در انتظار است و آماده می‌شود تا انتقام خود را بگیرد.