شش سال پس از وقایع آخرین قسمت سریال ایکس‌فایلز، دکتر دنا اسکالی، مامور سابق FBI، اکنون پزشک پرسنل در بیمارستان کاتولیک Our Lady of Sorrows است و در حال درمان پسری به نام کریستین است که به بیماری سندهوف مبتلا است، یک بیماری مغزی کشنده. مامور FBI، درامی، به اسکالی مراجعه می‌کند تا از او کمک بخواهد تا فاکس مالدر، رئیس فراری سابق بخش ایکس‌فایلز را پیدا کند و می‌گوید اگر او در تحقیق درباره ناپدید شدن چند زن، از جمله مامور جوان FBI، مونیكا بانان، کمک کند، جستجوی آنها برای او متوقف خواهد شد. مالدر و اسکالی توسط FBI به خدمت فراخوانده می‌شوند زمانی که یک کشیش سابق ادعا می‌کند که بینش‌های روانی مربوط به یک مامور ربوده شده دریافت می‌کند.