انسانیت در نهایت از شر گودزیلا خلاص می‌شود و او را در یک مقبره یخی در قطب جنوب زندانی می‌کند. همه چیز آرام است تا اینکه موجودات مختلفی ظاهر می‌شوند و به شهرهای زمین آسیب می‌زنند. در این شرایط دشوار، به نظر می‌رسد که یک نژاد از بیگانگان نیکوکار به نام زیلیان‌ها، انسانیت را نجات می‌دهند. اما همه چیز آنطور که به نظر می‌رسد نیست و این بازدیدکنندگان عجیب رازهایی دارند. اگر انسانیت بخواهد زنده بماند، باید به ناچار دشمن مورد نفرت خود، گودزیلا، را دوباره زنده کند.